Systématique en microbiologie. Notion d'espèce. Classification mixte consensuelle en bactériologie.
1. Taxonomie, taxons, nomenclature, phylogénèse
La systématique est la branche de la biologie qui a pour but d'étudier la diversité des êtres vivants, de comprendre l'origine de cette diversité et de les classer de manière rationnelle au travers de leurs ressemblances et de leurs différences et des relations qui existent entre eux. La taxonomie (ou taxinomie) et la nomenclature sont 2 disciplines de la systématique.
La taxonomie est la science qui va aboutir à classer les êtres vivants de façon hierarchisée au sein de groupes appelés taxons. Un taxon (ou unité taxonomique ou groupe taxonomique) regroupe différents organismes dans l'ensemble qu'il constitue. Chaque taxon reçoit un nom. Quand des organismes sont regroupés au sein d'un taxon donné c'est parce que la construction de ce regroupement est apparu scientifiquement pertinente. Une espèce x, un genre y , une famille z, un ordre t, une classe u , un phylum v sont des taxons de niveaux hierarchiques croissants. En microbiologie, un sérotype (ou sérovar) est aussi un taxon (de niveau infra espèce).
Vous pouvez ouvrir une nouvelle fenêtre qui propose la hierarchie des taxons utilisée dans les nomenclatures en cliquant sur le lien " vers la hierarchie des taxons dans les classifications des êtres vivants".
La nomenclature est un ensemble de règles qui permet à un instant donné de l'état de la systématique de nommer les taxons de façon non ambigüe et en adéquation avec les niveaux hierarchiques de la classification en cours.
Le plus simple est peut être d'éclairer dès maintenant le propos à l'aide exemples.
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Soit un laboratoire de microbiologie travaillant avec un clone identifié Escherichia coli ,
(d'après la nomenclature du Bergey's Taxonomic Outline, version mai 2004) : |
On retiendra bien la propriété fondamentale suivante : un taxon comprend les individus de ses taxons subordonnés (de rang hierarchique inférieur).
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Où si on s'intéresse à soi-même : je suis un individu de l'espèce sapiens du genre Homo = Homo sapiensFamille = Hominidae (ici je suis en compagnie du disparu Homo erectus) Ordre = Primata (ici je suis en compagnie des chimpanzés) Classe = Mammalia (à ce niveau je trouve aussi les dauphins) Phylum = Chordata (à ce niveau je trouve aussi les oursins) règne = Metazoa (à ce niveau hiérarchique je trouve aussi les éponges) Domaine (ou Super-règne)= Eukaryota (tous les organismes constitué de cellules eucaryotes sont membres du taxon de Domaine des Eucarya) |
L'étude de l'évolution des êtres vivants est un des objectifs de la systématique.
Et, de nos jours, La classification scientifique
des êtres vivant est réalisée dans le cadre d'une tentative de sa mise en cohérence avec l'histoire évolutive
des êtres vivants : on dit qu'elle tend à être phylogénétique.
L'approche phylogénétique demande que les taxons créés respectent
les deux conditions suivantes :
- (i) tous les individus d'un taxon donné descendent d'un ancètre particulier ;
- (ii) tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.
Cette contrainte de cohérence phylogénétique a conduit et conduit à des modifications fondamentales de la classification des êtres vivants héritée des années 1950. Certaines de ses modifications sont non cohérentes avec les "idées communes" modelées par l'héritage culturel et linguistique. Ainsi des taxons traditionnels comme "reptiles", "poissons", "algues", "plantes dicotylédones" ont perdu leur pertinence en systématique phylogénétique car ils se sont montrés comme polyphylétiques (ils ne respectent pas la condition (i)ci-dessus) et/ou paraphylétiques (ils ne respectent pas la condition (ii)ci-dessus). D'autres Taxons traditionnels comme celui des champignons (règne Fungi) et des plantes (règne Plantae) ont survécu après nettoyage (on leur a enlevé de nombreux organismes qui n'y avaient pas leur place d'un point de vue phylogénétique afin de les rendre monophylétiques). Enfin, certains taxons historiques traditionnels ont surmonté la révolution phylogénétique, comme "animal" (métazoaires en langage courant = règne Metazoa en nomenclature internationale) ou "mammifères" (= classe Mammalia en nomenclature internationale).
Vous pouvez ouvrir une nouvelle fenêtre qui propose un schéma commenté qui tente d'aider à mieux comprendre la notion de classification phylogénétique en cliquant sur le lien " vers un schéma explicatif de la classification phylogénétique"
Les 2 sites suivants seront utiles pour qui s'intéresse à la place de la phylogénèse
dans les classifications actuelles du vivant :
http://www.ohiou.edu/phylocode
et
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/phylogene/documentation/html/ancetre.htm .